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這篇文章主要為大家介紹了Python腳本提取fasta文件單序列信息實現示例，有需要的朋友可以借鑒參考下，希望能夠有所幫助，祝大家多多進步，早日升職加薪
此篇文章關鍵給大家介紹了Python腳本制作獲得fasta文件單編碼序列信息內容完成實例，感興趣的小伙伴可以參考借鑒一下，希望可以有一定的幫助，祝愿大家多多的發展，盡早漲薪
Python腳本制作編寫
應用Python對fasta格式編碼序列開展基本資料統計分析
預估設計方案導出文件中包括fasta文件名，編碼序列長短，GC成分及其ATCG分別含量。
應用文件
test.fasta
stat.py
輸入sys模塊
#!/usr/bin/env python import sys
從命令行獲得文件名稱
file_fasta=sys.argv[1]
#獲得文件名
file_name=file_fasta.split('.')
name=file_name[0]sys.argv[1]模塊是從程序外部獲取參數的橋梁，可以將命令行的參數輸入到py程序內。
sys.argv[0]是程序本身，sys.argv[1]是程序后跟著第一個參數。
我們將要文件夾名稱做為輸入數據，這步最后運行有展現。
在完畢導出的時候會導出1個包括統計信息的txt文件，我們將要用fasta文件名做為txt文件的作為前綴，因此我們必須獲得fasta文件的名稱。
.split('.')是把file_fasta以.為分節符分離會形成'test','txt'，取值給file_name則file_name會蘊含著兩個字符。
file_name[0]乃是取首個值'test'，python中默認設置首個數是0，所以無法鍵入1。
開展編碼序列數據匯總的函數公式
編碼序列長度非常好統計分析使用len函數就可以，可是GC成分和ACTG的百分比換算必須費點事兒。
使用def制做一個函數
Python使用def開始函數定義，緊接著是函數名，括號內部為函數的參數，內部為函數的具體功能完成代碼
def get_info(chr):
chr=chr.upper()
count_g=chr.count('G')
count_c=chr.count('C')
count_a=chr.count('A')
count_t=chr.count('T')命名這個函數為get_info，內部參數為chr
在咱們會將fasta中ATCG的堿基內容賦值給chr，堿基可能有大寫有小寫，所以我們使用.upper將所以字符變成大寫。
再使用.count('G')統計ATCG各自的數量并賦值給對應count_g，我們用ATCG各自的統計數可以在后面計算中免疫N值干擾。
gc=(count_g+count_c)/(count_a+count_t+count_c+count_g)
A=(count_a)/(count_a+count_t+count_c+count_g)
T=(count_t)/(count_a+count_t+count_c+count_g)
C=(count_c)/(count_a+count_t+count_c+count_g)
G=(count_g)/(count_a+count_t+count_c+count_g)
gc_con='{:.2%}'.format(gc)
A_content='{:.2%}'.format(A)
T_content='{:.2%}'.format(T)
C_content='{:.2%}'.format(C)
G_content='{:.2%}'.format(G)
return(gc_con,A_content,T_content,C_content,G_content)gc含量計算其等于（G的數量+C的數量）/（A的數量+T的數量+C的數量+G的數量）
A的含量等于（A的數量）/（A的數量+T的數量+C的數量+G的數量），其他值的計算以此類推。
.format使用：
"{1}{0}{1}".format("hello","world")設置指定位置。
'world hello world'
{:.2f}保留小數點后兩位
最后，使用return返回函數結果(gc_con,A_content,T_content,C_content,G_content)
進行函數計算
#進行函數計算 with open(file_fasta,'r')as read_fa:
讀取文件內容賦值給read_fa
python中有兩個方式打開文件一種是直接使用open("test.fasta","r")，執行完以后f.close()關閉。
注釋："r"只讀模式打開文件；"w"以只寫模式打開文件，這種模式下輸入內容會覆蓋原有內容；"a"以追加模式打開一個文件,這個模式會把新內容追加到原有內容的末尾，不會覆蓋。
這里使用的是第二方式with內置函數，它可以將文件自動關閉。
for val in read_fa:
val=val.strip()
if not val.startswith(">"):
seq_info=get_info(val)
len_fasta=len(val)將read_fa內容賦值給val。
strip()方法用于移除字符串頭尾指定的字符(默認為空格或換行符)，這里使用默認。
然后使用startswith()方法用于檢查字符串是否是以指定子字符串開頭，在當不是>開頭的行時候，才對核酸序列才進行信息統計。
len()方法返回字符長度獲得片段長度
結果屏幕展示
#結果屏幕展示
print('******n{0}nlength:{1}ngc content:{2}nA content:{3}nT content:{4}nC content:{5}nG content:{6}n******'.format(name,len_fasta,seq_info[0],seq_info[1],seq_info[2],seq_info[3],seq_info[4]))
使用n進行換行，用.format指定值輸出位置。
結果輸出文件
os.write(fd,str)
write()方法用于寫入字符串到文件描述符fd
#結果輸出文件
file_output=open("{}sum.txt".format(name),'a')
file_output.write('******n')
file_output.write('{}n'.format(name))
file_output.write('length:{:d}n'.format(len_fasta))
file_output.write('gc content:{}n'.format(seq_info[0]))
file_output.write('A content:{}n'.format(seq_info[1]))
file_output.write('T content:{}n'.format(seq_info[2]))
file_output.write('C content:{}n'.format(seq_info[3]))
file_output.write('G content:{}n'.format(seq_info[4]))
file_output.write('******')
file_output.close()腳本運行
執行腳本（linux系統）
使用ls命令可以看到當前目錄下有已經寫好的py文件以及數據test.fasta。
運行時注意我們編寫時設置從命令行獲得文件名稱，所以要在后面跟上fasta文件，這樣才能成功運行。
運行結束后可以看見屏幕上有結果的打印，同時也生成了testsum.txt。
使用cat命令查看可以看到結果。
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