摘要：安裝成功后，將得到如下提示分別給出了設(shè)置環(huán)境變量的方法和官方的參考文檔的位置。安裝當(dāng)應(yīng)用安裝到當(dāng)前登錄用戶(hù)的文件夾中。安裝配置環(huán)境變量注意非環(huán)境如下安裝解壓文件在同一文件夾下，分別解壓和。

由于Intel編譯器支持的服務(wù)器系統(tǒng)列表為：

Supported operating systems for this
release include:
    - Red Hat Enterprise Linux* 4.0, 5.0, 6.0 (IA-32/Intel(R) 64)
    - Fedora* 15 (IA-32/Intel(R) 64)
    - SuSE Linux* Enterprise Server* 10.x, 11.0 SP1(IA-32/Intel(R)64)
    - Asianux* Server 3.0, 4.0 (IA-32/Intel(R) 64)
    - Ubuntu* 10.04 LTS, 11.04 (IA-32/Intel(R) 64)
    - Debian 6.0 (IA-32/Intel(R) 64)

只有centos(Red Hat Enterprise Linux)6.6是存在官方的docker鏡像，所以，我們?cè)谶@里使用centos6.6進(jìn)行安裝

[注意]

服務(wù)器內(nèi)存不能少于2G，否則將會(huì)編譯錯(cuò)誤

在安裝過(guò)程中，系統(tǒng)不能重啟。否則部分環(huán)境變量將失效。

啟動(dòng)
#sudo docker build centos:6.6 ./
#sudo docker run -d --name {contanername} -v localpath:remotepath -t centos:6.6 "/bin/bash"
#sudo docker ps
#sudo docker exec -i -t containername "/bin/bash"

[注意]

{contanername} 換成你想起的容器名，比如vasp

localpath 本地路徑

remotepath docker虛擬機(jī)的路徑

比如我使用以下命令安裝：
#sudo docker run -d --name vasp2 -v /home/panjie/:/home/panjie -t centos:6.6 "/bin/bash"

vasp需要一些擴(kuò)展包列表為gcc,which,glibc(32w位），libstdc++(32位）：
yum install -y rsync gcc-c++ which glibc-static.i686 libstdc++.i686
上面的擴(kuò)展必須安裝，不然則會(huì)出現(xiàn)如下錯(cuò)誤：

32-bit libraries not found on this system.

官方對(duì)jre是這么說(shuō)明的：

Finally, there is an optional package to consider: The 11.x version of the Intel Compiler for Linux has a graphical debugger, a new graphical interface for the IDB debugger. If you want to use this debugger, please make sure to install the JAVA JRE version 1.5 or higher.

也就是說(shuō)，你要不安裝的話，可能會(huì)有BUG
#yum install java-1.6.0-openjdk

編譯器即把C語(yǔ)言的文件變成可執(zhí)行文件的。編譯器有很多，支持的功能也不一樣。在編譯、鏈接VASP時(shí)，推薦使用INTEL的編譯器。這是由于VASP軟件使用了很多Intel Math Kernel Library（Intel數(shù)學(xué)計(jì)算核心庫(kù)）。而這個(gè)IMKL，當(dāng)然需要配套使用Intel的編譯器了。

我們上傳的編譯器，一般會(huì)是個(gè)tgz格式的壓縮包。我們找到這個(gè)壓縮包的位置，然后在那個(gè)位置上解壓：
#tar xzvf l_ccompxe_2011.6.233.tgz

解壓后進(jìn)入解壓后的文件夾，進(jìn)行安裝。
#./install.sh
接著會(huì)出一個(gè)安裝向?qū)В覀儼刺崾具M(jìn)行安裝即可。安裝過(guò)程中，會(huì)提示我們選擇證書(shū)，輸入證書(shū)的絕對(duì)路徑位置即可。

安裝成功后，將得到如下提示：

- Set the environment variables for a terminal window using one of the following
  (replace "intel64" with "ia32" if you are using a 32-bit platform).
     For csh/tcsh:
        $ source install-dir/bin/compilervars.csh intel64
     For bash:
        $ source install-dir/bin/compilervars.sh intel64
     To invoke the installed compilers:
        For C++: icpc
        For C: icc
        For Fortran: ifort
  To get help, append the -help option or precede with the man command.
- To view a table of getting started documents: 
  install-dir/Documentation/en_US/documentation_c.htm.

分別給出了設(shè)置環(huán)境變量的方法和官方的參考文檔的位置。
由于我們采用了默認(rèn)路徑安裝，所以安裝文檔的位置為：
/opt/intel/composerxe/Documentation/en_US/documentation_c.htm

如果你注意觀察的話，會(huì)發(fā)現(xiàn)在安裝過(guò)程中提示的安裝路徑為：composer_xe_2011_sp1。但我們composerxe做為安裝路徑也可以，這是由于composerxe鏈接到了composer_xe_2011_sp1。

還是由于我們沒(méi)有更改安裝路徑，所以環(huán)境變量位置應(yīng)該為：
/opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64

#vi ~/.bashrc

# .bashrc
source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64 # 添加這行                   

使環(huán)境變量馬上生效（如果有錯(cuò)誤，執(zhí)行以下命令時(shí)會(huì)報(bào)錯(cuò)）
#source ~/.bashrc

安裝fcompxe的上面安裝ccompxe一樣。先解壓，再安裝。

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort

--prefix="/home/$USER/.openmpi" 當(dāng)應(yīng)用安裝到當(dāng)前登錄用戶(hù)的.openmpi文件夾中。CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort為使用哪種編譯器編譯openmpi

make -j1
make install

make -j1使用1核進(jìn)行編譯；make install 安裝

export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> /root/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
>> /root/.bashrc
which mpif90
/home/.openmpi/bin/mpif90

最后一條命令將返回mpif90的1條路徑，即我們上面剛剛設(shè)置過(guò)的。如果返回了幾行信息（所有的環(huán)境變量路徑，則說(shuō)明沒(méi)有生效）。

注意：以上只適用于docker環(huán)境，非docker環(huán)境請(qǐng)參考如下配置。

export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> /home/$USER/.bashrc export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
>> /home/$USER/.bashrc
which mpif90

tar xzvf fftw-3.3.4.tar.gz 
cd  fftw-3.3.4
./configure --prefix=/home/.fftw --enable-mpi
make -j1
make install

export PATH=/home/.fftw/bin:$PATH >> /root/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH=/home/.fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH >> /root/.bashrc
which fftw-wisdom
/home/.fftw/bin/fftw-wisdom

注意：非docker環(huán)境如下：

export PATH=/home/$USER/.fftw/bin:$PATH >> /home/$USER/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH=/home/USER/.fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH >> /home/$USER/.bashrc
which fftw-wisdom
/home/.fftw/bin/fftw-wisdom

在同一文件夾下，分別解壓vasp.5.4.1和vasp.5.lib。

cp makefile.include vasp.5.4.1
cd vasp.5.4.1
vi makefile.include

28行設(shè)置MKL路徑MKLROOT =/opt/intel/mkl

33行只使用openmpi BLACS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_openmpi_lp64

38行設(shè)置fftw OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /home/.fftw/lib/libfftw3_mpi.a

39行設(shè)置fftw INCS =-I/home/.fftw/include

上面主要是進(jìn)行了一些配置，我們需要要給這個(gè)配置相應(yīng)的值。比如mkl在哪了， libffw3_mpi.a的具體位置是什么，.fftw/include的位置在哪。所以，在設(shè)置的同時(shí)，我們最好查看一下本機(jī)對(duì)應(yīng)的路徑是否存在。如果不存在，說(shuō)明位置你記錯(cuò)了，或是前面哪些步驟你忘了安裝了。

萬(wàn)事具備，在確認(rèn)服務(wù)器有不小于2G的內(nèi)存后，執(zhí)行:
make all
然后就是漫長(zhǎng)的等待。

echo export PATH=/home/panjie/vasp.5.4.1/bin:$PATH >> /root/.bashrc
source ~/.bashrc

我們注意到此時(shí)，我們?cè)O(shè)置環(huán)境變量使用的是echo xxx >> xx，然后使用source ~/.bashrc生使環(huán)境變量生效，這樣做的好處是，當(dāng)系統(tǒng)重啟后，該環(huán)境變量仍然生效。

該死的vasp_std等命令好像不能直接執(zhí)行，還需要一個(gè)TorquePBS的隊(duì)列管理。

yum install -y libxml2-devel openssl-devel boost-devel libtool openssh-clients

查看主機(jī)名、新建用戶(hù)、設(shè)置新用戶(hù)密碼:

hostname
useradd panjie
passwd panjie

提示框出現(xiàn)后，輸入兩次密碼
得到主機(jī)名：28bf0f7e77e6

tar vxzf torque-6.1.1.1.tar.gz  
cd torque-6.1.1.1
./configure --prefix=/usr/local/torque --with-scp --with-default-server={hostname}
make
make install

將hostname替換成你自己的主機(jī)名

cp contrib/init.d/trqauthd /etc/init.d/
chkconfig --add trqauthd
echo /usr/local/lib > /etc/ld.so.conf.d/torque.conf
ldconfig
service trqauthd start

這步其實(shí)前面我們已經(jīng)做了，重復(fù)一遍無(wú)所謂了，萬(wàn)一我們以后更改主機(jī)名呢
echo > /var/spool/torque/server_name
將 替換為你的主機(jī)名

echo export PATH=/usr/local/bin/:/usr/local/sbin/:$PATH >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

./torque.setup root

如果你是多節(jié)點(diǎn)運(yùn)算，那么需要將節(jié)點(diǎn)信息添加到：/var/spool/torque/server_priv/nodes

cp contrib/init.d/pbs_server /etc/init.d
chkconfig --add pbs_server
service pbs_server restart
cp contrib/init.d/pbs_mom /etc/init.d
chkconfig --add pbs_mom
service pbs_mom start

#cp contrib/init.d/{pbs_{server,sched,mom},trqauthd} /etc/init.d/

# for i in pbs_server pbs_sched pbs_mom trqauthd; do chkconfig --add $i; chkconfig $ion; done

5、在torque的解壓路徑運(yùn)行./torque.setup panjie時(shí)運(yùn)行下面兩句，設(shè)置環(huán)境變量

TORQUE=/usr/local/torque-xxx

echo "TORQUE=$TORQUE" >>/etc/profile

echo "export PATH=$PATH:$TORQUE/bin:$TORQUE/sbin" >>/etc/profile

source/etc/profile

./torque.setup panjie

前面安裝了這么多，終于到了可以創(chuàng)建自己的鏡像的時(shí)候。有了自己的鏡像，將使得我們以后在各種環(huán)境下，快速的安裝vasp.

步驟：
0 安裝ssh
1 退出鏡像
2 commit新鏡像
3 登錄鏡像倉(cāng)庫(kù)
4 push 鏡像

exit

# 使用鏡像

docker pull xxxx:4.5.1
docker run -d --name {containername} -t xxxx:4.5.1 -p 2122:22

再然后，我們可以通過(guò)xshell等終端連接運(yùn)行docker服務(wù)器的2122端口來(lái)進(jìn)行登錄了。

# 參考資源
> [https://cndaqiang.github.io/2018/01/09/ubuntu-install-vasp/](https://cndaqiang.github.io/2018/01/09/ubuntu-install-vasp/)

> [https://software.intel.com/en-us/articles/using-intel-compilers-for-linux-under-redhat-enterprise-linux-or-centos](https://software.intel.com/en-us/articles/using-intel-compilers-for-linux-under-redhat-enterprise-linux-or-centos)
> [http://docs.adaptivecomputing.com/torque/5-1-1/Content/topics/hpcSuiteInstall/manual/1-installing/installingTorque.htm](http://docs.adaptivecomputing.com/torque/5-1-1/Content/topics/hpcSuiteInstall/manual/1-installing/installingTorque.htm)