Cytoscape插件開發小結

galaxy_robot 發布于2019-08-14 15:41 / 1728人閱讀

摘要：前段時間接了一個，是給生命學院的老師開發一個的插件。如果你一定要使用的新特性，可以嘗試一下使用最新版本的插件。這可以參考這個插件的。閱讀別人開發的插件是最快捷的學習方法，當你多方求索而不得時可以考慮在的里面求助。

前段時間接了一個 parttime job，是給生命學院的老師開發一個 Cytoscape 的插件。本文做個簡單的技術總結，所有的細節都基于 Cytoscape3.3.0，閱讀時請注意版本號。

Hello World from Maven

首先要安裝好 Cytoscape、JDK 8 和 Maven。在此我不做贅述。

如果你沒有接觸過 Maven，最好稍微了解一下。因為 Hello World 就需要利用 Maven 命令自動生產模范代碼。Cytoscape 的 wiki 上便有詳細的介紹，請參見 Tutorial:Creating_an_OSGi_Bundle_Cytoscape_3_App。

關于 Maven，還有兩個問題需要解決，其中一個是如果你使用了 Java 8 的函數式編程特性，很有可能導致編譯能通過但是沒辦法用 Maven 打包，這是 Maven 插件的問題，我的解決方案是避免使用。如果你一定要使用 Java 8 的新特性，可以嘗試一下使用最新版本的插件。另外一個問題是怎樣引入一個外部的 jar 包。這可以參考 stringApp 這個插件的 pom.xml。注意，其中 groupID 是org.cytoscape的這些包依賴的寫法和末尾那些外部包依賴寫法上的區別。因為Cytoscape自己的那些包只是編譯時依賴，而外部包是運行時依賴。

More about packaging

Cytoscape 的插件就是 jar包，除了需要放在jar包里面的常規 class 文件，我們還需要放一些數據文件，比如 sqlite3 的數據庫，csv 格式的文本文件等等。那么怎么在運行時訪問這些資源呢？

針對這個問題，你可以看我在Stackoverflow上的一個回答：add sqlite DB to executable JAR file

AbstactTask

一般情況下可以繼承 AbstractTask，將任務在 run 方法中實現。這樣做的好處在于 Cytoscape 可以捕獲到其中的異常，在日志中顯示，以供除蟲。而且可以利用 TaskMonitor 顯示執行任務的進度。但是在實踐中發現顯示任務進度這個功能會和彈出窗口沖突，也就是說我沒法在執行任務的中途彈出一個窗口讓用戶做一些選擇。這個時候就只能放棄繼承 AbstractTask，直接把任務放在所觸發的動作中。

Debugging

可以使用標準輸出，也可以使用 Cytoscape 的日志系統。（在 Windows 下使用命令行啟動 Cytoscape，但是 cmd 的標準輸出并不能顯示，所以推薦用后者）后者可以點擊 Cytoscape 界面左下角的圖標顯示。

import org.apache.log4j.Logger;
final Logger logger = Logger.getLogger("org.cytoscape.application.userlog");

Resources

閱讀別人開發的 Cytoscape 插件是最快捷的學習方法，當你多方求索而不得時可以考慮在 Cytoscape 的 Google Groups 里面求助。如果還是不行，就只能訴諸 Cytoscape 源碼了。

就說這么多，建議從這里開始，https://github.com/cytoscape/cytoscape-app-samples，挑幾個樣例過一遍代碼，再開始編碼。

云服務器 GPU云服務器 Cytoscape eclipse插件開發 grunt插件開發 firefox插件開發

文章版權歸作者所有，未經允許請勿轉載,若此文章存在違規行為，您可以聯系管理員刪除。

轉載請注明本文地址：http://m.specialneedsforspecialkids.com/yun/65947.html

vim插件vundle/bundle安裝錯誤小結

摘要：事情經過是這樣的換了臺機器，想部署自己的開發環境。結果原來機器明明好使的插件，現在居然不好使了。報了各種錯誤，以為是插件中有個各種路徑是原來的機器路勁，那就重新安裝吧。事情經過是這樣的：換了臺linux機器，想部署自己的開發環境。那vimrc必須配置上。結果原來機器明明好使的vundle插件，現在居然不好使了。報了各種錯誤，以為是插件中有個各種路徑是原來的機器路勁，那就重新安裝吧。明...

honmaple 2019-06-28 10:11 評論0 收藏0
面試小結（三）

摘要：好了，我的面試小結似乎告一段落了，希望自己以后多寫寫技術型的博客，這種總結型的博客，次之 1、項目中使用的技術棧，遇到的問題，解決辦法；2、這個是我的項目中的問題：Rax中banner圖，使用插件還是手寫；3、react怎么使用循環渲染；4、開發的項目兼容哪些瀏覽器；5、自己單獨負責項目過什么項目（體現自己的基礎）；6、手機兼容：彈性盒子，安卓手機不支持，這個問題遇到過嗎；參考：op...

魏明 2019-08-29 15:35 評論0 收藏0
面試小結（三）

摘要：好了，我的面試小結似乎告一段落了，希望自己以后多寫寫技術型的博客，這種總結型的博客，次之 1、項目中使用的技術棧，遇到的問題，解決辦法；2、這個是我的項目中的問題：Rax中banner圖，使用插件還是手寫；3、react怎么使用循環渲染；4、開發的項目兼容哪些瀏覽器；5、自己單獨負責項目過什么項目（體現自己的基礎）；6、手機兼容：彈性盒子，安卓手機不支持，這個問題遇到過嗎；參考：op...

ephererid 2019-08-26 11:58 評論0 收藏0